Следственный комитет Российской Федерации не является правоохранительным органом. В структуре власти он определяется как федеральный орган с особым правовым статусом, не относящийся ни к одной из ее ветвей. Тем самым Следственный комитет Российской Федерации дополнил перечень, включающий в себя прокуратуру, уполномоченного по правам человека, Центральный банк, Центральную избирательную комиссию и Счетную палату Российской Федерации.

Руководство деятельностью Следственного комитета Российской Федерации будет осуществлять Президент, который назначает и освобождает от должности Председателя Следственного комитета Российской Федерации.